Die Bewacher waren Teil der 1938 neu gebildeten »SS-Totenkopfstandarte Ostmark«. Wachposten standen um das Lager und hatten den Befehl, auf alle Häftlinge, die sich der Postenkette näherten, ohne Anruf zu schießen. Der erste Kommandant des KZ Mauthausen wurde der vorher im KZ Sachsenhausen tätige, aus Norddeutschland stammende SS-Sturmbannführer Albert Sauer. Mitte Februar 1939 wurde er von dem aus München stammenden SS-Hauptsturmführer Franz Ziereis, zuvor Führer der 3. SS-Totenkopfstandarte Thüringen, abgelöst, der diese Position bis zur Befreiung des Lagers innehatte. Die Zahl an SS-Angehörigen nahm gleichzeitig zum Anstieg der Häftlingszahlen ständig zu. Mit dem Funktionswandel des KZ Mauthausen, der Errichtung eines großen Netzes von Außenlagern und dem damit verbundenen großen Wachstum der Zahl der Häftlinge stieg die Zahl der SS- und Wehrmachtsangehörigen von etwa 6000 Personen im Winter 1944/45 auf fast 10.000 bis Ende März 1945.
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